La capilla Mayor se encontraba situada detrás del retablo de la Iglesia Mayor -que actualmente se encuentra en la Iglesia de San Miguel Arcángel-.
Poseía «media naranja, linterna, cornisa y ventanas artísticamente trabajadas«. Fue construida junto con la reforma de la Iglesia Mayor por el maestro Miguel Salvador en el año 1633, costándole a la Comunidad 82 libras y una gratificación al artista que llevó a efecto la edificación. Las pinturas de las paredes eran de Juan Llorens que cobró el precio de 100 libras, gratificación, manutención y tres cahices de trigo.
A esta capilla fueron trasladados los restos mortales de los tres hijos de los fundadores de la Cartuja, los Reyes Don Martín I, el Humano y Doña María de Luna: <<FEECIT TRANSFERRI ET SPELIERI MARTINUS, REX ARAGONUM; IN HOC MONASTERIO TRIA FILIORUM SUORUM>>.
Actualmente todavía se ven en la pared, al lado del Evangelio, los dos huecos en donde estuvieron los sepulcros de los infantes Don Jaime y Don Juan.
Fdo.: Elías Miguel Marqués Asensio.